L'Agenzia,operativa a partire dal 1° maggio 2005, é una struttura comunitaria specializzata indipendente con sede a Varsavia, é incaricata della gestione della cooperazione operativa alle frontiere esterne. Questo organismo ha il compito di aiutare gli Stati membri ad attuare la normativa europea in materia di controllo e sorveglianza delle frontiere esterne (terrestri, marittime e aeroporti internazionali).
I compiti principali della nuova Agenzia sono :
coordinare la cooperazione operativa tra gli Stati membri in materia di controllo e sorveglianza delle frontiere esterne;
mettere a punto un modello comune di valutazione integrata dei rischi;
assistere gli Stati membri in materia di formazione del corpo nazionale delle guardie di confine;
seguire l'evoluzione delle ricerche in materia di controllo e sorveglianza delle frontiere esterne (ad esempio, la ricerca nel campo degli strumenti atti a rilevare la presenza di immigrati clandestini nascosti nelle macchine, negli autocarri, nei treni, ecc.);
aiutare gli Stati membri,ad esempio mediante l'invio di esperti competenti per il controllo e la sorveglianza delle frontiere, o la messa a disposizione di attrezzature tecniche;
coordinare la cooperazione operativa tra gli Stati membri in materia di trasferimento dei cittadini di paesi terzi che risiedono illegalmente.